猛将的真实：不为常人知晓的加藤清正
山名宗致 整理
加藤清正（1562-1611），尾张中村人氏。在羽柴秀吉与柴田胜家进行的后世称为“贱岳之战”的决战中，因辉煌的战功成为“贱岳七本枪”之一。此后在朝鲜侵攻时担任第二军主帅，但他的部队未能帮助日军获取更多胜利，却把武士精神体现在对朝鲜民众的残酷镇压和杀戮上，被恐惧的朝鲜人称为“鬼上官”。据说今天朝鲜语“狗”一词的发音正是“加藤清正”，朝鲜人以吃狗肉来发泄对加藤清正以及侵略者们的愤恨。在作为猛将的另一面，加藤清正又是一位内政高手，他在筑城与治水等方面有着堪称天才的表现。他是丰臣秀吉欲作为谱代家臣着重培养的武士，却在关原合战中站在了丰臣家的对立面——德川家康的身边，可是就在他臣从于江户幕府的同时，竭力维护着丰臣家与德川家的关系。最终加藤清正于庆长十六年（公元1611年）暴毙（传说为德川家康毒杀），走完了他不平凡的一生，享年五十一岁。
加藤清正，在许多人眼里就是单纯的猛将，而实际上他却远远不止猛将二字可以概括的。本文将为您讲述的，便是这样一个不为常人知晓的加藤清正。
（加藤清正画像）
一、猛将加藤的初露头角
少年清正
永禄五年（公元1562年），加藤清正出生于尾张中村，取幼名为“虎之助”。 据《藩翰谱》的记载，加藤氏出自藤原氏，为藤原大纳言忠家之后，可谓出自名流。
（加藤家家谱）
加藤虎之助三岁丧父，五岁时随母迁至山城国，在山城遇到了同龄的饭田才八和森本力士。同为没落武士家族后代的的三名幼童，因为同病相怜而交往，逐渐亲如兄弟，同时也表现出他们与年纪不相称的老成：三人以竹刀试合，约为君臣，在乱世中互相扶持。最终虎之助胜出，而饭田才八和森本力士亦遵循了诺言，终生侍奉加藤虎之助。此二人，便是饭田角兵卫直景（一名饭田觉兵卫清纯，又名饭田高伯）和森本义太夫一久，后来清正成为大名之后，又收纳了原荒木家臣庄林丰后守一心，饭田直景、森本力士与庄林一心，并称为“加藤三杰”。
元龟元年（公元1570年），加藤虎之助九岁，这一年，他随其母亲投奔了同是中村出身，已在织田家发迹的木下秀吉。此时秀吉以一介农民之子，却已在近江领有四万石，一方面为了巩固自己的实力，另一方面为了更大的目标，他开始通过尾张老家及其它途径寻找和培养自己的亲信力量，正是在这样的背景下，加藤虎之助母子作为同村，难免又与秀吉扯得上一点远亲关系，因而被秀吉之母推荐给了秀吉。在到达近江之后，清正与母亲被秀吉给予了扶持米扶养，同时也开始在秀吉的培养下学习武士道，与清正处境类似的还有同是来自尾张中村的福岛市松，他便是后来与清正齐名的福岛正则。
此事在《加藤清正公一代记》（以下简称《清正公记》）中记载为：加藤虎之助九岁时前往投奔近江的羽柴秀吉。此时今滨还是浅井的领地，因此此处可能属作者记载有误。
另外根据《加藤清正军记》的记载，在永禄十年到元龟元年这四年间，虎之助不仅收下饭田才八和森本力士为家臣，也有过更多离奇的经历：比如受到蜂须贺小六赏识在其手下干了几个月，学习到了治水和筑城的技术；向浪人大力案内学习了神秘的兵法；甚至流落到播磨得到黑田孝高赏识，并出仕黑田长政。要是说学习到了一些本领倒还有可能，毕竟他后来表现出的筑城技术不可能是从娘胎里带出来的。可是一个七、八岁的幼童受黑田孝高赏识就有点奇怪了，按逻辑来说更不可能去出仕黑田长政，因为直到元龟元年长政才仅仅两岁，两岁能干些什么事呢？《加藤清正军记》还写道：清正遇到驱散五、六名夜盗的饭田觉兵卫，便收他做家臣，而当时饭田觉兵卫（永禄八年生）顶多五岁，《加藤清正军记》在这方面记载上应该有许多夸张之处。
清正初阵
据许多史料来看，清正有过两次“初阵”，这是不同寻常的。首次初阵是天正三年（公元1575年）的长筱合战，加藤虎之助十四岁。而第二次初阵则是天正九年（公元1581年）的鸟取城攻略，加藤清正二十岁。之所以会出现两次初阵这样的情况，是因为长筱合战时加藤虎之助尚未元服，而且仅是坐守本阵没有参与交战。（《清正公记》中“突出阵中挑落三骑并重伤敌大将” 只能算是小说家言了，在其他长筱合战的史籍中均未见类似记载。）没有战功的初阵对于之后的这位著名猛将是无法接受的，于是此战虎之助的初阵被刻意淡化，而在虎之助元服后的一场漂亮仗也就堂而皇之的成为了“初阵”。夹在两次“初阵”之间的元服后第一场战斗——天正五年（公元1577年）的伊势北田征伐甚至也没能成为清正的“初阵”，原因当然也是清正的表现不如人意甚至可以说是狼狈。虽然并不值得炫耀，但长筱合战的确是加藤虎之助真正的初阵。
长筱合战之后，次年便是天正四年（公元1576年），这一年加藤虎之助元服，取名清正，被秀吉赐给俸禄一百七十石。据说此时的清正虽然仍为小孩，身高却已经超过大人了，有魁梧的身躯与过人的膂力。一直以来在秀吉的支持下，加藤清正四处寻访良师学习本领，先后拜于冢原小传次门下学习剑法，折野弥次郎右卫门赖广门下学习兵法，宝藏院胤荣门下学习枪术。天正七年某日，清正在市集上遇见了捣乱的足轻市足久兵卫，随即将其擒下并斩其手，清正初次亮剑便收得众人赞叹入耳，可以想到其后的剑术造诣，这也使得秀吉将他的俸禄增加到两百石，并把他配在木村大膳手下担任斥候。
清正在俸禄仅两百石时，已经拥有了饭田直景、森本一久、加藤清兵卫直正等数位家臣。两百石的俸禄才刚够他们果腹，因此患难时缔造的情谊使得这些早期家臣成为了后来加藤家的中坚力量。
天正九年（公元1581年），秀吉奉命转战中国各国，并于六月二十五日（文中除特别说明外所用日期均为和历）包围了因幡鸟取城，而加藤清正也终于迎来了他已错过两次的“初阵”。
崭露头角
羽柴秀吉率四万大军包围了仅两千人驻守的鸟取城，面对士气高昂并固守坚城的吉川经家，秀吉没有采用强攻的办法，而采用的是用兵粮战术。在确定了截断粮道、待守军兵粮用尽逼其投降的战术后，秀吉令蜂须贺正胜和加藤清正前往鸟取城后方勘探敌情。两人行至途中时，正胜忽然说道“那边的树林中一定有埋伏。”果不其然，从树林中冲出二、三十名足轻。两人并不慌张，取出弓箭射向敌人，趁敌人慌乱之际又拔刀冲上前去，各割取一个首级跑了回来。秀吉对此大加赞赏，并亲手书写感状颁发给清正。随后清正也参与了阻止毛利军通过水路运输粮食进城的行动，不久后鸟取城便粮尽陷落，这便是一些文献记载的清正的“初阵”。
下面是秀吉当时颁发给清正的感状，由此可见秀吉对清正的赞扬：
因幡国鸟取之城、攻城、出阵、探查敌情之时，以强弓射退敌军，斩获首级之事诚为神勇也，因此，为你加增百石知行，今后再立军功可再获加增。仍如件。
天正九年六月二十九日 秀吉（花押）
次年（天正十年），羽柴秀吉转战备中，攻击冠山城时，令清正为先锋大将，从此时起，清正也得到了使用自己马印的许可，以这样的速度发迹，一方面是清正一直以来奋战取得的成就，另一方面显然也是秀吉刻意提拔的结果。由于清正幼时曾寄居妙延寺，受过日莲宗佛法的熏陶，此役他便决定以日莲宗的题目“南无妙法莲华经”为马印，世称“题目之旗”，此后这面旗帜令无数人见之色变，而这一战便是清正“题目之旗”的第一次飘扬。在此战中，清正果然不负众望的第一个攻入城中，斩杀城将岛越左卫门、竹井将监、田春平太，立下了“一番枪”（急先锋）的功劳，由此又得到了秀吉的一份感状，此战之后，加藤清正的威名也开始在织田家中传开。
备中国冠山城攻之刻、以一番枪入城、枪法之高、舍身之勇盖世无双，将特赐领地以示褒奖。仍感状如件。
天正十年三月十八日 秀吉（花押）
攻下冠山城后，秀吉乘胜追击，于同年五月进击备中高松城。攻打高松城之时秀吉采用了军师黑田孝高的水攻之计，在足守川筑堤将水引入高松城中，等待高松落城，其间毛利家的援军正在赶来，一方面为了夸耀自己的战功，另一方面为了向毛利发动大举决战，秀吉向安土的织田信长请求了援军。然而十几天后，等来的不是三万援军，而是信长身死本能寺的噩耗。在收到这个消息之后，秀吉立即与毛利军议和，回师姬路，进军山崎与明智军决战，史称“西国大返转”。
在急行军至摄津国时，还有一则逸话：说是羽柴秀吉急于开战，撇下马回众（卫队）独自行进在队伍前方，结果在广方寺外遭遇假扮成百姓的明智方武士四王田但马守和明石义太夫的袭击。正当秀吉性命危在旦夕时，加藤清正赶到。清正口中高念南无妙法莲华经，顿时觉得浑身充满神力，一枪刺死四王田但马守。随后黑田孝高率五十骑赶来，明石义太夫见势不妙率残兵遁去。惊魂初定的秀吉叹道：“虎之助果然有法华加护啊。”此后清正遂更加笃信日莲宗。这则逸话出自《清正公记》，其夸张程度足以让人喷饭。另一方面清正直到天正十一年(公元1583年)贱岳合战后才被加封为三千石，这样救主于危机之时的巨大功劳，秀吉是不可能就凭一句夸赞打发清正的，因此这则逸话基本上没有什么可信度吧。
随后进行的山崎合战中，清正被安排到守卫本阵的位置上，可是他见到中川清秀队陷入苦战，按捺不住率二十余骑驰援中川队，而此时明智方也有近藤半介率三十名铁炮手加入战斗。清正口诵“南无妙法莲华经”，穿过中川队，来到近藤半介面前，太刀出鞘，一刀斩杀近藤半介，铁炮兵皆四散而逃。由己方阵后到达敌将面前竟然没有身中一弹，真不可不谓之的确有法华加护。尽管清正的唐突举动使得他战后被秀吉斥骂，但这也鼓舞了羽柴军的士气，成为合战最终胜利的一个助力。
秀吉在后来赐予清正一把铭刀，并称呼他为“加藤虎之助殿”。从“虎之助殿”这样亲密的称呼中可以看出两人的友好关系与秀吉对清正的喜爱。
二、加藤清正的黄金时代
贱岳扬名
天正十一年（公元1583年），先前由于在清洲会议中围绕织田信长的领地分割问题产生纠纷，秀吉受到伊势泷川一益、美浓织田信孝、越前柴田胜家的三面包夹，在迫使长滨城的柴田胜丰和岐阜城的织田信孝投降后，秀吉于正月侵入伊势。三月，北陆积雪开始融化，柴田胜家趁着秀吉正与泷川一益交战的时机出兵近江，寻求与秀吉进行决战。在收到柴田大军正南而来的消息后，秀吉留下部分士兵留守伊势，自己则亲率五万大军北上近井，在长滨城北的志津岳布下阵势，相对的，柴田胜家兵力仅三万。正当两军对峙之时，已降伏的织田信孝突然再次投向柴田胜家，随后柴田胜丰旧臣山路正国也向胜家方倒戈，一时间军心浮动。此时，军师黑田孝高便献计秀吉将计就计先假意攻打织田信孝，造成本阵空虚的假象，诱使柴田胜家发起攻击。秀吉依计将本阵迁到大垣，做出攻打岐阜的姿态。所谓利令智昏，兵力本来处于劣势的柴田方武士不去分辨虚实，便认为这是一个扭转形势的好机会，佐久间盛政和柴田胜政为首的部队在未向柴田胜家取得许可的情况下，便擅自于三月二十日向大岩山砦的中川清秀发起进攻。四小时后攻下大岩山砦，中川清秀战死，邻近贱岳砦的桑山重晴弃砦而逃，岩崎山上的高山重友也与羽柴秀长队合流，在木之本进行防御战的准备。这样一战得手，使得柴田军更加充满自信，进一步向秀吉军的深处进发。（也有另外说法言秀吉的目的就是岐阜，他没想到柴田军会偷袭自己，贱岳的胜利——至少是过早胜利——纯属捡来的，而中川清秀也并非被遗弃的棋子，在这里不加深究。）
在大垣得到消息的秀吉大喜过望，立即率一万五千人回军向贱岳进发，在日夜兼程赶路之后于次日深夜抵达木之本，休息了片刻便立即全力攻向柴田队。此战先锋队虽由石田三成和大谷吉继担任，可是秀吉的马回众立功心切，以加藤清正、福岛正则为首的七名年轻武士在石田队开始交战后不久便各自领军杀了上去（都没人保护总大将了）。热血方刚的年轻武士们原本打算建立头功，可是在他们与敌军交锋前，柴田军已经在石田三成和大谷吉继的猛攻下全线崩溃退却，清正他们只好全力追击溃逃的敌人，由于立功心切，连军队的统率也是一团糟。幸运的是敌人也是全线崩溃，此时柴田军后阵的前田利家也见势不妙，主动撤退，柴田方败局已定，所以清正等人此时的追击已经没有了任何风险，只是看谁抢到的功劳多罢了。
据一些野史记载，这些年轻人为了和石田三成和大谷吉继抢夺功劳，还闹出了争抢首级的事件。据说胁坂安治为了挣首级数，甚至连己方足轻的首级一起割下，而片桐且元队更是挡住三成和吉继部队去路，拖延他们追击的步伐。这也许是后来“文治派”和“武断派”最初的结怨。
另一方面，柴田方武士毛受胜照为了掩护柴田胜家撤离，举起胜家的马标作为影武者（大将替身）殿后，结果被除了片桐且元之外的六人蜂拥而上乱刀砍死。除此之外，清正等人在这一战中还斩杀了其它数位柴田军大将：胁坂安治斩杀柴田胜政，福岛正则斩杀山路正国（也有人说此人死于清正之手），加藤清正自己则斩杀了拜乡家嘉、户岐隼人（户波隼人）。最后，在清算战果时，七名年轻武士可是出尽了风头，缴获的首级也远多于先锋三成和吉继。后世也又此把他们称作“贱岳七本枪”。
不过话说回来，“贱岳七本枪”的命名者根据一些史料记载来看，反到是与清正他们结下梁子的石田三成。石田三成将他们（这“在贱岳山的敌人溃败后，进行了方便轻松的行动，还一个劲地扯我们后腿”的七人）讥讽地并称为“七本枪”。在秀吉听到“七本枪”的说法后，也笑称其为“七本枪”，另外，大概是由于这场胜利过于重大导致了极度喜悦，另一方面也是有心对这些年轻热血的武士们进行偏袒，秀吉对他们在合战中的种种冒失行为并没有追究责任。此后 “贱岳七本枪”的名号开始传遍全国，在此再将这七人的名单列出如下：福岛正则、加藤清正、加藤嘉明、胁坂安治、片桐且元、平野长泰、糟野武则（糟谷武则）。战后行赏之时，七本枪的笔头（首席）福岛正则被加增至五千石俸禄，其余六人每人加增至三千石，然而自己出身相同、战果稍逊于己的福岛正则比自己多出两千石封赏，这样的结果使得清正很是不满，在他的抱怨之后，秀吉之后又给清正加封了播磨姬路两千石。
贱岳之战清正得到的感状原文如下：
今度、信孝对秀吉举兵抵抗、虽为信长公御一族、然而不得不出手讨伐。由此与柴田修理亮、泷川左近将监的决战也势在必行。在此情势之下，我军出阵浓州大柿之城、即将攻略崩岐阜之城之时、收到柴田先势自柳濑出阵的消息、我军遂马上移阵柳濑、决胜负之刻、你在秀吉在眼前大展一番枪之勇、讨取户波隼人、击破北国之军，我对此无比感动、特此加赠三千石。特可尽忠战之状、如件。
天正十一年五月十一日 秀吉（花押）
这一战中秀吉发出的“一番枪”感状有九张，除了七本枪之外一同受封三千石的还有樱井佐吉和石川一光（一光之兄石川一宗作为秀吉马回众在合战中阵亡，因而赏赐便给了一光），因此他们应该被称为“贱岳九本枪”。然而可惜的是后面两位的为人比较正直，在作战中没有过分抢夺本属三成的功劳，三成为给他们留面子，没有把他们列入“贱岳七本枪”名单中。殊不知这一战不但是能使武名轰动全国、为仕途打通一条光明之路的大好机会，更是能千古留名、让为后人传诵其英勇的时刻，这两人因为不愿使卑鄙手段抢夺功劳而错过了，真可算是老天爷给他们二人开的一个天大的玩笑。（另有一种说法：每场合战后评选“七本枪”是战胜者的惯例，所以樱井佐吉和石川一光没入选是因为人数有限的缘故。然而经过查找相关资料，发现“七本枪”并不是场场合战都会选出的，而是确实有七名武士表现十分突出才有份，当然如“贱岳七本枪”这样的反面表现也不是没有。而且不仅是“七本枪”，也有很多“五本枪”“十一本枪”的记录，所以我对该说法持否定态度。）
尽管过程不很光彩，但此后秀吉更加器重这批年轻武士。不久清正便被提升为侍大将，赐予铁炮一百五十挺，与力二十人，还被推荐担任了主计头的官职，随后清正又参与了天正十一年九月的大坂城建造。发迹后的清正给予了家臣饭田直景和森本一久七十石的俸禄，并新招纳了庄林一心等十余名壮士为家臣，将自身俸禄分出许多赏给他们，清正的爱才之心可见一斑，也能见其志向之高远。
在接下来的天正十二年（公元1584年）的小牧山合战中，清正也参与了此战，但除了《清正公记》之外的各类史料都未提及清正参与了作战行动。据《清正公记》记载，羽柴秀次中伏战败后，秀吉本队十万人（号称而已）从小牧山出阵，受本多忠胜八百人摆出的雾隐之阵迟滞，难以前进。这时清正一军杀出，成功逼迫本多队撤离，随后便随秀吉回军攻下美浓竹之鼻城，与信雄达成了和议（基本上是投降性质了）。但是通常的说法是，秀次战败后，羽柴军元气大伤，失去了兵力上的优势后只好固守本阵，随后放弃进攻德川，转路进军美浓逼迫信雄和议，进而逼迫失去出阵理由与盟友声援的家康退兵。
先不说仅此一家曰秀吉有出阵行动，单说所谓之“雾隐之阵”是什么东西估计没人能知道。而《清正公记》也仅仅是寥寥数句一笔带过，具体情况并未写出，而逼退十万之众都不能打退的“雾隐之阵”这样的记载又太过离奇。我认为，即使该记载如果不是虚构，至少也是也是有点夸张，其原型，大概是出自秀吉在撤退时赞叹德川军本多忠胜进退有度的典故吧。
肥后拜领
在降伏了中国毛利氏，压制了纪伊农民一揆（暴动）后，秀吉把目标放在了四国。随后秀吉要求长宗我部元亲返还乘着小牧山合战的空子攻下的阿波、赞岐、伊予三国，在遭到元亲拒绝之后，秀吉便开始着手准备四国攻略。天正十三年（公元1585年）六月，秀吉以命羽柴秀长为总大将，率领十万兵出阵四国，并以加藤清正、小早川隆景为监军。羽柴军兵分三路：羽柴秀长、秀次进攻阿波；宇喜多秀家进攻赞岐；小早川隆景和加藤清正进攻伊予。另一方面，元亲动员了四万余人对抗羽柴军，在阿波白地城设立大本营，并把伊予的防卫交由当地豪族金子元宅担当。
加藤、小早川势四万人原本准备由安艺国御手洗出发渡海前往伊予国三之滨。可是到达御手洗之后几日过去了，海面上依旧是风波汹涌，使得部队难以出航。焦急之下，清正一咬牙征召了不怕死的船夫数百人，用七十余艘船运载本部一千勇士渡海。船队刚出御手洗之滨，清正就开始后悔未听取隆景劝言再等待数日了，但既然已经出海，再回头又会受人耻笑。清正遂悬起重赏下令舰队迎着风浪前进，最终艰难地在三之滨登陆，舰船奇迹般一艘未损。
而《清正公记》对此的记载是：清正站在船头，亲手举起他的马印“题目之旗”，在摇晃的船上巍然不动，宛如摩利支天。在清正的鼓舞下，船工们不再害怕，均拜倒在“题目之旗”下，遂在法华的加护下安全到达三之滨云云。船工们都拜倒在“题目之旗”下时，谁来掌舵摇橹呢。况且在波涛汹涌的海上能站稳已属不易，还要举起高数米的大马印，这对于任何人来说大概都是不可能做到的事。所以读者对这一段也就姑妄听之吧（继续喷饭中）。
清正在登陆后迅速向长宗我部方的据点得居城发动进攻，当时得居城城将为得居一族总大将得居刑部之侄、号称“四国第一枪”的得居九郎右卫门，在他的拼死抵抗下，清正一度陷入苦战，一番激战之后终于将得居九郎右卫门斩杀，得居城也随即陷落。与此同时，收到清正成功登陆的消息后，小早川隆景也开始渡海，与清正部合流后，两军合力击杀长宗我部伊予方面军的主将金子元宅，为羽柴军的四国征伐行动写下了漂亮的一笔。此时阿波、赞岐方面的捷报也接连传来，元亲最终投降，获土佐一国安堵。战后，据说清正在班师途中，用积蓄在难波地方建立了一所本妙寺，请来本国寺僧人日真上人担任本妙寺住持，以感谢在作战中蒙受了法华的加护。
长宗我部元亲降伏后，越中的佐佐成政、越后的上杉景胜也相继归附了秀吉，三河的德川家康也与秀吉最终达成了和议。声望不断高涨的秀吉被朝廷授予关白的高位，并获赐丰臣姓。
经过两年的休息之后，秀吉又于天正十五年（公元1587年）开始了九州征伐，此时岛津已基本将九州统一。秀吉大军到达北九州后，降伏于岛津之下的北九州诸大名纷纷起兵响应秀吉，仍在对岛津进行决死抵抗的大友更是果断在各方面与秀吉军进行配合。“凡千升瓢箪光照之处，五三桐旗被风吹起飘扬之处，各豪族均率三百、两百骑来降。”在取得得绝对强势之下，秀吉军一路南下，其中加藤清正奉命攻入肥后，此时肥后的重要势力的阿苏家，已经失去了重臣甲斐亲直，加上先前又被岛津所削弱，进而一蹶不振。清正得以势如破竹，迅速平定了肥后。秀吉本打算南下萨摩继续追击岛津，又担心肥后发生一揆阻断了退路，便令清正守卫宇土城，监视肥后国人的动向。清正此后一面继续镇压阿苏残党，一面安抚肥后诸豪族，颇受肥后诸豪族爱戴，这也为后来他统治肥后埋下了伏笔。
不久之后岛津氏终于向秀吉降伏，领地削减至萨摩、大隅、日向三国。接着秀吉将越中佐佐成政移封至肥后，其间还告诫成政说肥后乃难治之国，当对各豪族宽厚以待，与此同时又继续令清正留在宇土城监视佐佐成政。然而成政到了肥后之后急于强化统治，强制施行检地，苛刻的政令引起了豪族们的不满。其间肥后的老牌势力隈本亲永一度被没收了领地，亲永向成政申请恢复领地，却被成政不留情面地一口回绝，气愤的亲永回城备战，拉响了肥后一揆的导火索。天正十五年（公元1587年）九月，以肥后的爆断为导火索、肥前、筑前、丰前国人也相继起兵反抗秀吉的统治，九州爆发大规模一揆。随后秀吉急令各地大名前往镇压，这场暴乱到了天正十六年（公元1588年）初才被讨平，事后佐佐成政以治国不当的罪名被秀吉勒令在尼崎切腹谢罪，此时清正也在肥后，按理说也应该对这场始做于肥后的动乱负有责任，然而却未见其相关记载。
与此同时在赞岐作乱的尾藤知定也因罪被流放。随后秀吉询问清正：“你跟随了我多年，真是辛苦了，现在想给你块好封地，你是想要赞岐一国还是肥后半国？”清正答道：“在下最近听说您要进攻明国，请封在下肥后半国，为在进攻明国时担任先锋。”秀吉对清正的回答很是赞赏，当下便封他肥后二十五万石（依据宽永年间检地数据，小西行长获二十万石，而原肥后国主相良长每仅获象征性的两万两千石），并将尾藤知定所拥有的武器镫甲赐给清正。据说是因为知定武具上绘有的尾藤家橘梗家纹无法除去，清正于是也使用起了橘梗纹，这就是加藤家拥有两种家纹的原因。
而就在清正得到肥后二十五万石封地的同时，在后世常和清正相提并论的“贱岳七本枪”之笔头福岛正则，也得到了伊予十一万石的赏赐。
天草之乱
清正受封了“难治之国”肥后半国后，一改前任佐佐成政的严厉态度，以怀柔政策对待称为“肥后五十二人众”的肥后国人。所谓“一人受罚而万人不满，一人封赏而万人欢喜”，清正上任当日便任命了几名惴惴不安前来祝贺的国人为城代（代理领主管理城堡的职务），等于承认了他们的本领安堵，见到此情景的肥后诸国人纷纷向清正开始效忠，四散的佐佐家旧臣也多来侍奉清正。此间清正前往肥后时，也将难波本妙寺连同住持日真上人一同迁来肥后，此后日真上人作为清正的深交之友担任了参谋协助清正制定治国方案。此间清正见到领内多条河川出现水害，遂与擅长土木工程的家臣饭田直景、妹夫大木土佐守兼能一同率领民治理水患，据说邀请了近江的石工集团——“穴太众”前来参与协助。数月后，在各方的协力下，水患得到排除，清正也由此得到了肥后领民面的广泛认可。在战场上宛如凶神恶煞，治国时又如此贤明，这两种极端统一到一个人身上，这也是秀吉所培养起来的一干亲信大将中所少有的。
而与清正一同被封治肥后的小西行长，其治国本领反倒远不如清正（在日真上人的辅佐下），行长在“难治之国”上任仅仅五个月，领内就爆发了国人一揆。与清正的安民政策相反，行长却大兴土木修筑宇土城，对不愿送出劳役的志岐家威逼甚至斥骂。志岐麟泉（一名林专）忍无可忍，在志岐城起兵。随后与志岐家合称“天草五人众”的天草郡四家世代豪族当主决定与志岐家同进同退，此四人为天草伊豆守种元（一名久种）、上津浦种贞、大矢野种基、栖本亲高。随后小西行长派出部将伊地知文太夫率两百兵攻打志岐城，史称“肥后天草合战”。交战之初，志岐麟泉便利用熟知的地形在袋之浦全歼小西方登陆的伊地知文太夫队，伊地知文太夫当场阵亡。得到战败消息后，小西行长大怒之下亲率七千兵准备攻打志岐城，而这时原本仅仅是声援志岐家、并没有实际出兵的其它天草四家看到行长战败，也开始煽动领民一揆，并出兵支援志岐城。行长见到事态已经快要发展到不可收拾了，赶紧派人向清正请求援军，清正亲率一千五百兵（诸说不一，多至一万，少至一千，这里采用《清正公记》的说法）出阵。
清正与小西行长汇合后，两军合力攻击了与志岐城成倚角之势的天草一族主城本渡城，清正先是说服了天草家大将斋藤立本并千余士卒倒戈，守城力量受到巨大削弱，随后清正开始攻城，但在城外山中的佛木坂地方遭到了号称“肥后第一猛将”的木村弹正的滚木落石攻击。清正大喊一声“南无妙法莲华经”后手持两把镰枪杀入敌阵，家臣及兵卒连忙跟着上前保护清正，清正左手所持镰枪折断后仍持单枪奋战，仅三百兵力的木村势逐渐不支，这时木村弹正冲出，挺枪刺向清正，清正也以镰枪来迎，一枪刺中弹正腿部，接着又一枪刺死弹正，弹正死后本渡城随即开城投降。仅四天后，士气低落的志岐城被攻破，天草五人众降伏，天草合战结束。
平定了叛乱的清正事后得到了秀吉的褒奖，受赐了一把佩刀，此役中作战勇猛的饭田直景、庄林一心、森本一久三人也各被赏赐一把长枪，之后他们三人也被并称为“加藤三杰”。据《武功杂记》记载，清正此役后觉得单枪比双枪顺手，于是弃用双枪，并令铁匠打造独具一格的带有边刃的“片镰枪”。如果属实的话，那么清正对战争的天赋也由此可见一斑。
据说在清正受封肥后前，秀吉原本打算将整个肥后国赐给清正，但与清正早有积怨的石田三成向秀吉进言，说清正可能不太适合突然管理如此大的土地，从而向建议秀吉把自己的好友小西行长封在肥后。秀吉于是给予了清正和行长各半个肥后。清正对此十分愤怒，憋着一股劲将半个肥后国治理得井井有条，同时大力发展南蛮贸易，随后又在天草合战中奋勇作战成为主角，与软弱的小西军形成鲜明对比（另外的原因可能是小西行长与天草五人众同是切支丹大名，不愿全力攻打，而清正却笃信日莲宗，毫无顾忌。），以显示自己的能力。可是秀吉战后既没有处罚行长，也没有增加清正的封地。据说因为前后这两件事，清正此后便常常以枪刺三成和行长的画像出气。清正把自己的愤恨发泄在画像上的举动，可以看出他急躁而单纯的性格，这样的性格也成为他后来被家康所利用的原因。
与此同时，一直以来和清正一同转战各地的老家臣、加上熟悉当地情况的肥后国人，以及作战及内政均是一把好手的佐佐氏旧臣，构成了清正新的家臣团，其中的杰出者逐渐被冠上了“加藤十六将”的名号，他们分别是：饭田直景、庄林一心、森本一久、加藤直正、加藤右马允正方、贵田孙兵卫统治、本山权右卫门安政、斋藤与三右卫门立本、赤星太郎兵卫亲武、鵤平次、龙造寺又八、吉村吉左卫门、山内甚三郎、九鬼四郎兵卫、天野助左卫门、木村又藏。（网络上流传的某版本是：加藤舆右卫门、加藤右马允、加藤清兵卫、角平次、龙造寺又八、庄林隼人、贵田孙兵卫、吉村吉左卫门、山内甚三郎、九鬼四郎兵卫、天野助左卫门、木村又藏、森本义太夫、齐藤主水、赤星太郎兵卫、饭田党兵卫。其中饭田觉兵卫写成了党兵卫和丢掉了加藤与左右卫门的“左”字姑且算是瑕疵，但加藤与左右卫门和加藤清兵卫分明是同一个人——加藤直正，实际是考证不严谨混淆了他人耳目。）
出于稳定肥后局势的原因，天正十八年（公元1590年）的秀吉小田原征伐，清正没有参与，但此期间秀吉给清正的信件却很能体现出君臣二人间亲密的感情，于是选录了两篇附上：
去月二十一日之书状、并唐织之袴裁付、今日十二于相州小田原到来、远路御机嫌被思召候、仍而此表之仪、先书如仰遣、山中城专に相拵、丈夫に令觉悟、人数四五千人匿候处、去月二十九日、中纳言被仰付、资崩、城主そ始、士卒悉讨取、则付入、小田原二三町之间取卷、堀を堀、栅を付、二重三重に取笼、诸军之役所无透间、无是非被成御助る样にも思召候。关八州之城主共、不残相笼候间、一城に而关东一篇に被讨国候事候、落居不可有程、被长阵、城内之奴原悉く杀被仰付、出羽奥州日本之果迄も相改、仕置等。坚被仰付候、犹浅野弹正少弼可申候也。
卯月十二日 秀吉（花押）
急度被仰候。昨日十一、北条氏政、同陆奥守、刎首、即刻京都へ差上之候。氏直事は、家康依为缘者助一命候。然者、奥州出羽御置目为可仰付、来十七日到会津被移御座候、顿而可有御归洛之条、可遂参上候、犹山中橘内可申候也。
七月十二日 秀吉（花押）
在得到秀吉平定关东、降伏奥羽消息后，肥后的形势也同时初步稳定下来，到此秀吉真正统一了整个日本。在这个时刻，加藤清正从肥后出发前往东国，迎接凯旋归来的丰臣军，并在三河冈崎城与班师的秀吉会合。接着清正又与大军一同行进，在得到清正的作陪后，秀吉率着大军回到了两人的家乡尾张中村，受到了家乡百姓的盛大欢迎，这个场面也颇似当年汉高祖衣锦还乡情景，当日秀吉亲自向家乡父老解说东国战况，到了晚上又与清正交谈直至深夜。两人的感情，在家乡这个特殊的地方再次得到了强化。
（加藤清正出阵像）
三、向朝鲜进军
文禄之役
天正十九年（公元1591年），秀吉辞去关白一职，将全部精力集中在侵略朝鲜的准备上：命清正和寺泽广高动员九州诸大名，在肥前国筑名护屋城以为侵朝指挥中心。建成后的名护屋城规模相当大且装饰华丽（按秀吉爱铺张的口味），从名护屋城的建造上可以充分看出清正的筑城能力，据说名护屋城的构造令德川家康都赞叹不已。翌年即文禄元年（公元1592年）正月，秀吉在大坂召集加藤清正和小西行长，面授进攻朝鲜的方略，并任命他们二人为侵朝先锋。秀吉将一面自己在中国攻略时曾经使用过的、由织田信长赐给他的“南无妙法莲华经”题目之旗转送给了清正，其意义十分明确——鼓励清正象自己在信长手下那样忠心而努力，也盼望清正能够如自己在中国一般的在朝鲜获得辉煌战果。相对的，秀吉赐予行长的是一匹骏马。从城中出来后清正嘲笑行长：我和太阁公一样都是用长竿上高挂的马标显示武名，而你却只能使用你家药铺的招牌了。此后两人的敌视关系延续到了朝鲜战场上，为了争抢功劳互扯后腿，误了许多战机。这不得不说是秀吉的败笔，他明知二人关系不好却一同任命二人为先锋，大概是想让他们互相竞争以获取更大战果吧，可偏偏事与愿违，这是后话了。
同年正月二十六日，秀吉发布了进攻朝鲜的命令，以肥前名护屋城为本营（后因秀吉染病而迁至伏见），总动员兵力二十五万，号称五十万，实际派往朝鲜的兵力共十七万六千二百五十人，号称三十万，其中陆军分成九个军。具体编制如下：
第一军（名列首位者为该军主帅，以下同。）：小西行长7000人，宗义智5000人，松浦镇信3000人，有马晴信2000人， 大村喜前1000人，五岛纯玄700人，总计18700人。
第二军：加藤清正10000人，锅岛直茂12000人，相良长每800人，总计22800人。
第三军：黑田长政5000人，大友吉统6000人，总计11000人。
第四军：毛利吉成2000人，岛津义弘10000人，高桥元种600人，秋月种长400人，伊东祐兵600人，岛津丰久400人，总计14000人。
第五军：福岛正则4800人，户田胜隆3900人，长宗我部元亲3000人，蜂须贺家政7200人，生驹亲正5500人，来岛通总700人，总计25100人。
第六军：小早川隆景10000人，小早川秀包1500人，立花宗茂2500人，高桥直次800人，筑紫广门900人，总计15700人。
第七军：毛利辉元30000人。
第八军：宇喜多秀家10000人。
第九军：羽柴秀胜8000人， 细川忠兴3500人，总计11500人。
陆军其他部队：中川秀政3000人，宫部长熙2000人，南条元清1500人，稻叶贞通1400人，龟井兹矩1000人，木下重坚850人，斋村广英800人，明石则实800人，别所吉治500人，垣屋恒总400人，总计12250人。
水军：藤堂高虎2000人，九鬼嘉隆1500人，胁坂安治1500人，加藤嘉明750人，菅平达长250人，桑山一晴1000人，堀内氏善850人，杉若氏宗650人，总计9500人
奉行：石田三成2000人，大谷吉继1200人，增田长盛1000人，加藤光泰1000人，前野长康2000人，总计7200人。
四月十三日，小西行长的第一军在釜山登陆，马上攻陷了仅几十人防守的釜山。四月十七日，第二军、第三军在朝鲜熊川登陆。随后清正率领第二军北上经梁山、彦阳攻取庆州，斩获千余首级。二十七日，清正攻下忠州，城将申砬战死；二十八日，小行西长的第一军与清正的第二军在忠州会合。两军会合后，经过会议商定：清正与行长两人分走两路同时向朝鲜的王都汉城进攻，公平竞争一番枪的功劳。随后两人各自领兵出发，一路上除了抗日义军与清正部发生了小规模战斗外几乎未受到任何抵抗。仅仅几天后的五月二日，小行西长的第一军便到达汉城城下，随后开始进攻汉城东大门，不久朝鲜国王便落荒而逃，汉城竟在短短半天之中沦陷，这使得次日才赶到南大门的清正愤恨不已。
《清正公记》却说清正的第二军为第一个攻入汉城的部队，并引用了秀吉颁发的感状中“都一番入”的字句为证：
四月十一日之书状已阅。你等第一个进入汉城，随后一起放火，赶走朝鲜国王、未损一兵之事我已知晓。追击朝鲜国王之事，可与大家商议。不可为了战功贸然出阵。此事由浅野弹正少弼、木下半助转达也。
五月朔日 秀吉（花押）
汉城落城的日期是五月二日，而秀吉的感状怎么可能在五月朔日（一日）发出呢（所参照历法均为和历）？这种破绽足以说明该感状为伪造。
《日本外史》等野史中对第二军较晚到达汉城做出了如下记载：在忠州军议时清正和行长发生了冲突，行长提枪欲刺向清正，被锅岛直茂眼急手快拦住，才避免了血案的发生。随后两人通过抓阄选择进军道路，清正抓到了南路，而行长则走东路。南路比东路近十里（1日里=3 .9273公里），但有汉江天险阻隔，而东路虽较远不过道路平坦。行长见到清正抓到南路的阄遂大喜，待清正领兵出城后密令宗义智昼夜兼程赶往汉江……五月一日清正到达汉江江畔，见到江水奔腾而岸边渡口竟无一艘船只，而对岸却有许多无人看管的船只，顿觉怪异。找寻船只无果后，清正遂让手下足轻曾根孙六和岸佐助泅渡过江取来船只。迟滞了许久，清正军终于得以渡过汉江，随后又遇到了朝鲜都元帅金命元部，可金命元见到清正大军扭头就跑。清正也没有下令追击，而是命令全军火速开往汉城，到了最后还是被小西行长抢先了一步。
按清正与行长水火不容的关系来看，这样的事件也并非不可能。但我们不能只把目光放在这里，更重要的是，在记载中我们没有看到抵抗军的影子，甚至清正见到岸边渡口旁没有船只都会觉得怪异，这样十分普遍的坚壁清野的战术在朝鲜大地上没有被用来抵抗侵略者，反而被同是侵略者的小西行长给用上了，可谓怪哉。同时，这段记载中也没有朝鲜方对日军的奋勇抵抗记载，只有两名日本武士因私仇发生争执的紧张状况（甚至可以说只是比较轻松的比赛状况）。 “人不知兵两百余年”的历史使得朝鲜的军备荒废到了极致，从开战到攻占王都仅用了二十天，这并不是因为日军有多厉害，主要原因还在于朝鲜方面的腐败无能，从当时金命元部的望风而逃也能对朝鲜方的不堪一击可见之一斑了。
攻下汉城后，行长进军平安道，而清正则进军咸镜道。清正军一路畅通无阻地到达永兴，随后有探子来报说朝鲜的两位王子正在向正北方逃跑，清正大喜之下连忙率领八千精兵昼夜兼程向北方追去。七月十八日行至海汀仓时，遭到了朝鲜北大道大将韩克咸（韩克诚）的突然袭击，箭矢如雨一般射来。当下清正并不惊慌，命令部队向身后的粮仓方向撤退。由于空仓数量较多，清正部队得以全部进入空仓中逃避箭矢，大概是由于这些空粮仓的防火措施也做得比较到位，朝鲜军一时也无法发动火攻，只能进行直接攻击。待朝军接近时，清正下令手下挥刀冲出，与朝军进行白刃战，大败朝军。次日清正又设下伏兵再败朝军，生擒了韩克咸。随后清正军继续向北追击朝鲜王子，于七月二十四日到达会宁府城下，在得知两位王子正避于府中的消息之后清正大喜，一面令部队包围会宁府并做出准备攻打的姿态，另一面派使者向守将劝降。城守将鞠景仁吓得连忙拘禁了两名王子，同时向城外的清正提出带少量随从入城、不准在城中杀人、不携带武器入城，以此作为条件才同意投降。当下清正的家臣担心他的安危，都劝阻清正不要进城，而清正却回答：“我们辛苦追逐这么多天，不就是为了这两位王子么？”，遂携随从十余人入城，接受了鞠景仁的投降。
《清正公记》中叙说了清正安抚两名王子的话语：我日本国乃是仁义之邦，从来不妄杀投降者，更何况是贵国的王子呢。并亲手给两位王子松绑，命令部下将王子和两百多名朝鲜官员护送（其实是押送）至锅岛直茂处。末了《清正公记》还来了一句赞叹“清正公真是有仁义之心的大将军啊。”这番话也就只是装装面子的话罢了，之后清正屡次进行的屠杀举动让《清正公记》作者的这句赞叹颇有一些许反讽的意味。
八月七日，“朝鲜奉行”石田三成等人在汉城举行了军议，作出了称为“八道国割”的分赃决定，而此时整个朝鲜，除了全罗道和平安道的一部分之外，其余国土已经全部落在了日军手中。在经过讨论之后，平安道被分给了小西行长，咸镜道被分给加藤清正，黄海道分给黑田长政，江原道分给森吉成，忠清道分给福岛正则，全罗道分给小早川隆景，庆尚道分给毛利辉元，京畿道分给宇喜多秀家，随后日军诸将在各自领地强制推行检地，准备进行殖民统治。
八月十三日，清正继续向北进攻，占领了位于朝鲜最北端的豆满江畔（我国称为图们江）的隐城，并越过豆满江，进攻位于我国境内的蒙古族兀良哈部落。清正部仅付出了六百人的代价攻下了兀良哈的营地，酋长逃走，数万（具体人数不详）蒙古族人惨遭屠戮。
《清正公记》理所当然地回避了这场屠杀，而代之以一种十分“含蓄”、“隐晦”的说法：清正听说有数万人的军队正在南下，遂领兵北进迎击。走到一处森林中时突然遭到了敌人的火攻和毒箭攻击，清正自觉难逃一劫，便向老天祷告“如果我清正做了什么不仁义的事，请让我遭受水火之刑罚吧，但是这些忠勇的士兵是无罪的，请务必放过他们。”遂双手合十默念“南无妙法莲华经”。这时奇迹出现了，围困他们的数万士兵顿时消失不见，清正公于是再次虔诚地感谢法华加护。（无尽的喷饭呀）
或许正是有了《清正公记》这样的先河，百年后的某些日本的无良史家才敢肆意歪曲历史，企图隐瞒自己的罪恶，这种做法不仅在蛮荒时代是值得批判的，就是在现代也是不能容忍的，真相或许会随着时间而沉淀，但那曾经的罪恶逃不过每一个有良知的人的谴责。
占领了咸镜道全境的清正，命士兵们分散守卫在道中各地，并向低层百姓施与小恩小惠（“施行仁政，人民皆称颂清正公恩德。”）以推行殖民统治。甚至将小西行长在攻打汉城时不慎烧毁奴婢名册的事也归到自己名下，美名其曰为了解放奴婢而故意将其烧毁，清正逐渐麻弊了一些愚昧的朝鲜下层人民。因而此后数月在朝日军名声还没有后来那么狼藉，各地只有小股义军出没。
许多野史上都记载了这一时期清正“虎退治”的逸话：由于军资金的不足，在文禄元年后半年这段相对平静的时期里，清正便命手下足轻进行猎虎，将虎皮剥下送往伏见城的秀吉处，并谎称是取得的战利品，以求得赏金来维持紧张的财政。此时后来被石田三成得知，遂在秀吉面前告清正玩忽职守，清正也因而在文禄之役结束后被秀吉臭骂一通。而在第二军足轻口中却全是赞颂清正的话，称清正为了不让部下饿肚子情愿顶撞太阁大人，清正爱兵如子的美名也就流传开来。而且这一事件也为清正博得了“虎退治”（连老虎见了都害怕）这个异名（外号）。
文禄二年（公元1593年）正月五日，清正正在安边府外进行狩猎，忽报明国有使者来到。随后到来的明朝使者向日军发出了严正声明：要求日军撤离朝鲜，同时并要求清正交还朝鲜二王子，否则将派四十万大军将日军剿灭。清正则傲慢地答道“汝的四十万大军要来便速来，我每天杀你一万人，只须四旬便可杀光。然后跑到北京抓住明国皇帝，如朝鲜王子一般对待。”当下双方不欢而散。
同月，在平壤进攻的小西行长，遭朝了明朝派出的大军攻击，败给明将李如松后，小西行长逃回了汉城。随后小西行长与石田三成商议准备发起反击，并马上令清正撤回汉城。这时清正也与攻入咸镜道的明军发生了遭遇战，在得到命令后便郁闷地撤出了咸镜道。清正路过开城时，为了发泄心中的愤恨而大开杀戒、屠城而过，也给自己背上了“鬼上官”的恶名。清正的第二军于正月二十九日回到汉城，此时小早川隆景、立花宗茂等人刚刚在碧蹄馆击破李如松队，明军退往平壤并将战略方针转向和谈。另一方面，朝鲜名将李舜臣将日本水军在海上打得毫无还手之力，日军的水路补给也受到了威胁（近年来有新研究考证得使用龟甲船多次打败日本水军的将军是明朝的陈舜臣，这里还是采用传统观点。），在此背景之下小西行长等倾向于和平谈判解决冲突，但清正却坚决不同意和谈，为此在朝的和谈进程一直拖延了下来。眼看形势越来越不利，到了当年六月，丰臣秀吉亲自下令接受合谈。
当年四月，日军全部撤离汉城回到釜山，因补给线缩短而初步解决了补给困难问题。六月，为了在谈判中增加筹码，逼迫明朝将朝鲜八道中的南四道割让给自己，秀吉命令日军进攻晋州。六月十六日，日军九万人进犯有守军五万的晋州。二十一日，日军完成对晋州城的包围，开始用各种办法试图攻破坚固的城墙。这时清正重臣饭田直景和森本一久站了出来，他们向清正献计制造所谓“龟甲车”的攻城器具，其工作原理是用几层坚韧的牛皮和竹束做成封闭式的车子，足轻们可在龟甲车的防护下掘开石垣（说白了就是简易版的破城锤）。饭田直景擅长筑城术，因而能想出这么个主意，在之后清正建造城堡等工程方面都立了许多功劳，这又是后话了。同月二十九日，清正使用“龟甲车”破坏晋州城墙，日军一拥而入，晋州落城，朝鲜方倡义使金千镒、庆尚右兵使崔庆会、忠清兵使黄进、晋州府使徐礼元、义兵将高从厚、金海府使李宗仁、巨济县令金俊民等多名武将战死，战后清正再次屠城，杀害了六万降卒与无辜平民，史称第二次晋州城合战。
另一方面，立下大功的饭田直景和森本一久自然得到了秀吉的嘉奖，其感状如下：
此度大军攻落朝鲜方大将居城晋州之时、我方名为龟之甲的利器出战，首先打破敌方石垣、此事无比忠勇之至也、其中家臣森本义太夫、饭田角兵卫、于此之功特为重大、现赐正宗之刀以此褒美、总而（加藤）主计所获之功、可待归国后再加赠领地、义太夫之义字、觉兵卫之觉字、可以刻到刀上为右之文字、请继续奋战、此事由浅野、长束转达也。
随后秀吉兴奋的以这场胜利作为要求明朝割让土地的筹码，向明朝委派的和谈使沈惟敬施压。接下来发生的事众所周知：因语言不通，实际进行交涉的只有沈惟敬和小西行长。
出使前明朝神宗皇帝给沈惟敬定了三条交涉的底线：1.日军全部退回国内；2.日本不准向朝鲜要求进贡；3. 日本发誓不得再入侵朝鲜。
而秀吉向行长提出的条件是：1.迎娶明朝的公主为天皇后妃；2.重新开展勘合贸易；3.日、明两国掌权的大臣发誓互不侵犯；4.将朝鲜一分为二，日本归还朝鲜的北部四道和国都汉城；5.朝鲜将王子和几名大臣留在日本做人质；6.去年俘虏的两名王子还给朝鲜；7.朝鲜国王的重臣代代宣誓不背叛日本。
但是接下来双方的和谈却出现了无比荒唐的发展，由于沈惟敬是浙江嘉兴人，父亲是海商，他自己出生在日本的界港，和长期在界从事贸易的小西行长真是一见如故。但这两个人实在不是搞外交的材料，小西行长希望尽快结束战争回国，而沈惟敬则想尽早完成和议回去升官加爵。明廷和秀吉之间的议和条件其实差距很大，两人竟然想出瞒天过海的方法，将有争议的条款一律私下改动，使得明廷和秀吉都以为对方完全答应了自己的条件。
接着，八月，侵朝日军得到明朝向日本屈服求和的消息后撤回了绝大部分军队，仅剩一千多人留守；相对的，明朝军队得到了日本投降的消息后也基本全部撤出朝鲜，文禄之役结束。
（八道国割图）
庆长之役
文禄三年（公元1594年）十二月，沈惟敬与小西行长家臣小西如安（内藤如安）来到北京，向神宗皇帝递交了《关白降表》和贡品（所谓日本贡品，只不过是朝鲜当地的土产品，降表也是小西行长伪造的。）。确认了秀吉投降后，经大臣商议之后，神宗皇帝同意日本来明朝进贡（进行勘合贸易），并向日本派出了回访使节。
庆长元年（公元1596年），明朝的回访使节来到伏见城谒见丰臣秀吉。秀吉只见册封文书上“兹特封尔为日本国王”、对日本在朝鲜的利益却没有任何提及，情知受到了欺骗，不禁勃然大怒，当下赶走明朝使臣，又开始准备重新进攻朝鲜，由此因发了庆长之役。（事后，沈惟敬自然是丢掉了自己的脑袋，而小西行长也险些被杀。这场和议从头到底不过是两个商人所策划的一场闹剧。）
庆长之役暂且按下不表，这里先说说当时发生的、在后世广为流传的“地震加藤”的逸话。
文禄二年的第二次晋州合战后，清正自恃功勋卓著，在辱骂行长为界之浦的商人，同时在未得秀吉的许可之下自称自己是丰臣朝臣，被行长抓住小辩子在秀吉那告了一状。在文禄之役结束后清正回国，由于此事被秀吉给予了“谨慎”的处分（也即关禁闭）。从这里也可以看出清正的头脑是比较单纯的：因为自己是秀吉的老乡而且和秀吉沾亲带故，就能自称为丰臣了么。触碰了政治的高压线，这完全可以被人看作是谋反的征兆，随之而来没收领地甚至被勒令切腹也都是很正常的事。还好秀吉对人还算比较宽容的，只要是有能力并且为秀吉所欣赏的，就会得到优厚的回报，更何况是这些自己亲手提拔起来的亲信重臣。前时小西行长治理领内不善导致爆发天草一揆，甚至行长后来开起了国际玩笑骗了秀吉三年，都只是被秀吉狠狠斥骂而没有被削减领地，这是便是因为行长既是秀吉在姬路时代提拔起来的亲信、又因为行事干练一直得到秀吉赏识。反观佐佐成政：与秀吉为敌多年，好歹转封还给了个肥后，可领内发生一揆便被勒令切腹，下场之悲惨不禁令人叹息。要是换到大兴文字狱的中国，清正的头早就没了，哪里还会留条命给你去谨慎呢。
庆长元年闰七月十三日子时，伏见发生大地震，京都至界多处房屋毁坏，死伤逾千人。秀吉居住伏见城本丸天守也发生崩塌，滚落的石垣砸死五百多人。清正当时不顾正接受着谨慎的处分，立即召集了三百足轻前往伏见城救驾。在见到在大庭中休息的秀吉后，清正才松了一口气，随后又令三百足轻守住大门和石垣禁止他人进入，自己则在大庭内贴身保护秀吉。连石田三成赶来伏见城想见秀吉都被清正挡住，只向他告知秀吉没有受伤，并表示“为了太阁大人的安全”不准任何人带兵靠进，三成无奈之下只好在城外等了一夜。《伟人史业：加藤清正》记载了此夜清正向秀吉列举自己在朝鲜（屠杀民众）的赫赫战功，并声泪俱下地向秀吉表明自己的一片忠心（其他人都被拦在外面，清正到底说了些什么没有留下记载）。此夜过后，“君臣之情复修如鱼水”。
经过一年的准备，秀吉于庆长二年（公元1597年）二月再开战火，史称庆长之役。庆长之役日军的参战大名与文禄之役时差别不是很大，兵力也有十四万一千五百之众。陆军缩编为两个军，集中兵力这一点做的很好，但秀吉却没能吸取上次水军惨败的教训去增强水军力量，重蹈了失去制海权导致供给不足的覆辙（虽然朝鲜水军也只有六千多人，可人家的大将是李舜臣呀）。附编制表如下：
右军：毛利秀元30000人(全州会议后毛利秀元20000人改为中军，吉川广家10000人仍为右军) ，加藤清正10000人 ，黑田长政5000人(全州会议后改为中军) 锅岛直茂12000人，池田秀雄1650人，长宗我部元亲3000人，中川秀成2500人，总计64150人。目付（监军）：早川长政(全州会议后改为中军)、垣见一直、熊谷直盛。
左军：宇喜多秀家10000人，小西行长7000人，宗义智1000人，松浦镇信3000人，有马晴信2000人，大村喜前1000人，五岛纯玄700人，毛利吉成2000人，蜂须贺家政7200人，生驹亲正2700人，岛津义弘10000人，秋月种长300人，高桥元种600人，伊东祐兵500人，相良赖房800人，总计48800人。目付：太田一吉、竹中重利。
中军（全州会议后成立）：毛利秀元30000人，黑田长政5000人，总计35000人。目付：早川长政。
水军：藤堂高虎2800人，加藤嘉明2400人，胁坂安治1200人，来岛通总600人，菅平达长250人，总计7200人。目付：毛利高政。
守城部队：小早川秀秋10000人守釜山浦城，立花宗茂5000人守安骨浦城，高桥直次500人守加德城，筑紫广门500人守加德城，小早川秀包1000人守竹岛城，浅野幸长3000人守西生浦城，总计20000人。目付：毛利重政。
庆长二年六月，日军回到釜山，左军经晋州向南原出发，而清正所在的右军则取道密阳攻打全州，形成钳型攻势，到了十一月，朝鲜南部全罗道和庆尚道的一部分又落到了日军手里。此时清正派遣家臣佐佐备前守领三千人与毛利秀元一起建筑蔚山城，清正本部六千人入驻西生浦城，并在入城后纵容士兵疯狂屠杀了两万朝鲜平民，随即清正得到了浅野幸长建筑蔚山城结束的消息，高高兴兴地带了几个随从就前往蔚山城验收新城，这时清正还没发觉到危机已经降临到自己头上。十二月，经过严密的部署，明军大将杨镐亲帅四万多人向蔚山城进发，准备拿下兵力空虚的蔚山城。当日军指挥部发觉明军的目标时，明军已经切断了蔚山城到釜山的道路，小西部无法施展救援行动，只好进行小规模牵制性攻击（小西行长也决不会把自己的血本拼在救援仇人的行动上）。十六日，明军两万人开始攻击在蔚山城笼城的清正，邻近的岛山城为清正家臣加藤直正所守。虽然没有详细记载作战过程，但以三千人防守装备、训练程度、兵力皆优于自己的两万明军，这一仗一定打得十分惨烈，更重要的是城内存粮几乎全被浅野幸长带走了，仅余下五千石。而明军投入到攻打蔚山城的兵力明显多于岛山城，这说明明军的目标并非其他，就是“鬼上官”加藤清正的项上人头。二十三日，明军攻破蔚山城总构（外围城墙）；明军于二十四日、二十六日、二十九日组织了三次攻城，拿下了三之丸和二之丸，而“题目之旗”仍顽强地立在本丸中，但由于饥寒交迫，落城仅仅是时间问题。
次年即庆长三年的正月四日，援军小早川秀秋部、黑田长政部到达蔚山城，明军的兵力优势顿时被抵消，况且小早川军此前担任的是守城任务未投入直接战斗，是一支充满活力的生力军，援军到达之后清正也趁机开城杀出。疲惫的明军先是抵挡不住秀秋的猛烈攻势，逐渐向后败退，后又被从城中杀出的清正军夹击，当下便阵脚大乱、溃不成军，事后小早川秀秋立功心切、不顾清正劝阻而继续追击明军。另一方面杨镐军溃退三十里，遇到麻贵率数千人来接应，遂就地休整并收拢残兵，这时小早川秀秋正好追上，再次将杨镐军击溃。此战明军损兵两万，而日军亦战死一万（采用《清正公记》的记载，不过肯定有掺水），日军获得大胜，是为第一次蔚山城合战。
《孙子》有言：“是故卷甲而趋，日夜不处，倍道兼行，百里而争利，则擒三将军，劲者先，疲者后，其法十一而至；五十里而争利，则蹶上将军，其法半至；三十里而争利，则三分之二至。”而秀秋在恶战之后举军三十里奔袭而能胜，足以说明秀秋并非如后人的评价一般无能。
本来在蔚山城已被迫成为弃子的清正由于秀秋的擅自行动反而绝处逢生，而小早川秀秋却因为擅自出兵相救而被撤除了总大将的职务、削减封地并勒令回日本反省，当下清正自然对秀秋感恩戴德，内心对冷酷的秀吉可能也有了一丝凉意。而秀吉就好象没有将清正抛弃在蔚山城这回事似的，照例给清正发来了感状，来表彰这次难得的大胜：
今度出阵蔚山之西时、以孤军坚守城中、讨取敌方数千人、此为败敌之由。无比神勇也。然则、兵粮五千石、先已发出、继而又发出五千石。合一万石已经派出。请自寺泽志摩守处领取。蔚山、西生浦两城互相扶持为当事之急。今后军事可与西生浦的毛利壹岐守一同商议再施行。希望早日得胜归国，再睹你之风采。
正月二十二日 秀吉（花押）
文禄之役时日军仅偶尔有几次屠城行动，而且是在己方伤亡很大的情况下打败了敌人时向敌方泄愤的举动。但庆长之役时就不同了，不仅“鬼上官”加藤清正在屠杀，几乎所有日军将领都在肆意屠杀，而且是每过一城必屠一城。之所以有如此大的反差，是因为秀吉于庆长二年九月在京都设立了“耳冢”（原名“鼻冢”，因“鼻冢”听起来过于野蛮而改名。不过改什么名字都无法去掉它野蛮而残忍的本质。），用来埋葬在朝鲜杀死的敌人的鼻子。因为这时秀吉规定按割去鼻子的数量给予赏赐，日军便有了如此疯狂的屠杀举动，为了利益把屠刀挥向了无辜的平民。庆长之役在发起仅一年后便告结束，而此时“耳冢”里已经埋葬了一百多万只鼻子。这大概是秀吉在认为自己受到了明朝的“外交愚弄”后举行的报复行动，而他也尝到了自己埋下的苦果：在文禄之役时日军进行了比较宽松的殖民统治，还无意中解放了朝鲜的奴隶制度，因而义军的兴起只是星星之火。而在庆长之役中，任何一个朝鲜人都知道会因为自己的鼻子而马上遭到屠杀，所以每一个朝鲜人都拿起了武器，义军变成了侵朝日军的主要对手。正因为如此，日军在大挫明军的情况下都完全无力扩大战果，在自己已攻占的地盘内寸步难行，最后变为退守一隅。
因为“耳冢”的巨大影响，日军在第一次蔚山城合战的大胜后没能扩大根据地，一直忙于与义军作战；而明军也因蔚山城大败后需要休整，所以短期内没有向南进攻。终于，庆长三年八月秀吉病死，死前下令撤回全部侵朝部队。明朝得到了日军群龙无首并准备撤退的消息后，动用了全部主力分四路南下追击日军，其中东路军的目标就是清正的蔚山城。由于这次清正手上兵力足有一万，兵粮也够吃，明军围困数日仍没有落城迹象，随后明军退往庆州（即第二次晋州城合战）。清正于庆长三年十月回到博多，随着十二月十日最后一批日军乘船回到日本，作为清正人生最大污点的朝鲜征伐终于落下帷幕。
（京都的耳冢）
四、清正的后半生
关原合战
因为在朝战略的分歧，各军将帅（出兵大名）与在阵奉行间冲突十分激烈，而奉行们（年寄众）的首领——石田三成更是成为众矢之的。待秀吉死后，“文治派”和“武断派”的矛盾趋向于表面化，而在此同时作为五大老之笔头的德川家康也违反秀吉生前的“不准诸大名私自结亲或订立盟约”的禁令，开始多方拉拢各地大名，表现出了谋反的迹象。在前田利家——最后一个能为丰臣家稳定局势的人死亡后，大概只是看到家康与石田三成的冲突，还没有发觉家康意图颠覆丰臣政权。因为这样简单的考虑，加藤清正作为以反对文治派（年寄众）为目的的武断派之一，和同样将石田三成作为敌人的德川家康逐渐走到了一起。
庆长四年（公元1599年）闰三月，利家死去后不久，以加藤清正为笔头“武断派” 七将：加藤清正、福岛正则、黑田长政、浅野幸长、细川忠兴、蜂须贺家政、藤堂高虎进攻了位于大坂的石田三成住宅，欲“快刀一挥，斩断天下祸根”。听到风声的三成连忙逃至伏见城宇喜多秀家宅邸，并派人请求家康出面保护（一说三成是当面请求家康庇佑，不过最终结果都是家康出面调停，无关紧要。），使得家康为了掩护自己颠覆丰臣家的隐谋而不得不出手相助，这也是石田三成的小聪明所在。随后德川家康哑巴吃黄连，只好以秀吉“诸大名不得私斗”的禁令为由出面仲裁：七将不得继续向三成进攻，而三成必须辞去奉行职退往居城佐和山隐居，事件就此平息。史称“三成袭击事件”或“七将袭击事件”。